国内3学会（日本環境感染学会・日本消化器内視鏡学会・日本消化器内視鏡技師会）が合同で作成している「消化器内視鏡の感染制御に関するマルチソサエティ実践ガイド」では、環境整備について次のように述べられています。

内視鏡室の床は清掃しやすい構造とすることが求められ、日常的な清掃（水拭き・洗剤清掃）を基本とします。除菌剤の日常的使用は求められていません。ただし、血液・体液が飛散した場合は、それらを拭き取った後、消毒用エタノールまたは0.1％次亜塩素酸ナトリウムで清拭消毒します。

内視鏡室床の埃やゴミの除去には静電モップや乾式モップにて除塵清掃をします。検査と洗浄のエリアが同室である場合には、湿式清掃が主体となります。中性洗剤にて固く絞ったモップを使用します。モップの絞り不足があると床における微生物の増殖につながります。

なお、毒性・コストの観点から環境消毒には高水準消毒薬は使用しないとされています。ノロウイルス、C.difficileなどでの汚染の場合は次亜塩素酸ナトリウムが推奨されます。